Forskare

Kandidaten kommer att bidra till att vidareutveckla de beräkningsmässiga delarna av Slice-seq, en ny metod för att studera humana pankreasvävnadssnitt genom att kombinera högupplöst kalciumavbildning med spatial transkriptomik. Forskaren kommer att utveckla metoder för att förbättra analysen av spatiala transkriptomikdata och integrera bilddata med transkriptomik. Forskaren kommer även att bidra till beräkningsanalys av cellfritt RNA vid diabetes, inklusive genidentifiering och dekonvolution av celltyper. Även om projektets huvudsakliga fokus är beräkningsbaserat förväntas kandidaten också bidra till experimentella arbetsflöden inom genomik, inklusive provbearbetning, nukleinsyraextraktion, biblioteksberedning och användning av automatiserade vätskehanteringssystem i laboratoriet.

• Utveckla och genomföra beräkningsanalyser av spatiala transkriptomikdata.
• Integrera spatiala transkriptomikdata med bilddata, inklusive högupplöst kalciumavbildning.
• Analysera encells- och enkelkärne-RNA-sekvenseringsdata (scRNA-seq och snRNA-seq).
• Integrera data från olika genomiska modaliteter, inklusive spatial transkriptomik och snRNA-seq.
• Analysera cellfritt RNA, inklusive dekonvolution av celltyper och genidentifiering.
• Utveckla och underhålla reproducerbara beräkningsarbetsflöden för analys av genomiska data.
• Utföra encellsprotokoll med hjälp av automatiserad vätskehanteringsutrustning med hög kapacitet.
• Utföra RNA-extraktion och beredning av NGS-bibliotek.
• Leda projektet, presentera resultat vid gruppmöten och konferenser samt skriva vetenskapliga artiklar baserade på forskningsresultaten.
• Bidra till handledning och mentorskap av juniora medarbetare.

Ideala kandidater bör ha följande kvalifikationer:

• Doktorsexamen inom ett relevant forskningsområde (t.ex. bioinformatik, molekylärbiologi eller matematik).
• Vara mycket motiverad, proaktiv och noggrann.
• Förmåga att arbeta både självständigt och i grupp.
• Erfarenhet av analys av spatial transkriptomik och encellsgenomiska data
• Erfarenhet av beräkningsmässig integration av spatial transkriptomik med bilddata eller kvantitativ bildanalys.
• Erfarenhet av programmering i R och/eller Python samt Bash och arbete i HPC-miljöer med arbetsflödeshanterare såsom Snakemake eller Nextflow.
• Erfarenhet av analys av encellsgenomiska data från pankreas eller pankreasöar är meriterande.
• Erfarenhet av analys av cellfritt RNA, genidentifiering eller dekonvolution av celltyper är meriterande.
• Erfarenhet av experimentella genomiska metoder, inklusive RNA-extraktion och biblioteksberedning, är meriterande.
• Tidigare erfarenhet av automatiserad vätskehanteringsutrustning är meriterande.
• God förmåga att uttrycka sig i tal och skrift på engelska är ett krav.

Du söker anställningen via Göteborgs universitets rekryteringsportal genom att klicka på knappen "Ansök". Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag. Ansökan ska innehålla:

• Ett personligt brev med motivering till varför du söker tjänsten
• CV som inkluderar vetenskapliga publikationer
• Kopia på bevis för doktorsexamen
• Två referenser med kontaktuppgifter